影響噴霧干燥微膠囊化過程的主要參數是壁材的組成和干燥性質、芯材的分子量、乳狀液的粘度、芯壁比率和殼層的孔隙度。

在乳化過程中，由于壁材的乳化穩定性，其組成對微膠囊的質量具有重要的影響，例如，對于芯材的保留率，阿拉伯膠高于麥芽糊精。這是因為阿拉膠具有高的乳化性質和成膜性質，能夠充分吸附在芯材和分散相之間的界面上，防止干燥過程中芯材液滴的損失。

芯材的分子量與擴散系數密切相關，因此對于保留率也有較大的影響。增加可溶性固形物的含量可以縮短恒速干燥階段，降低殼低層形成的時間，提高芯材的保留率，對于每一種壁材，進料固形物含量是壁材的大溶解度。

在干燥液滴周圍形成的殼層的孔隙度也影響著液滴的干燥時間，封閉性的殼層增加了液滴的干燥時間，而多孔的殼層降低了壁材形成的時間。